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Réduire les impacts environnementaux, ou accroître la production de services écosystémiques, en est une composante. Mais il s'agit de la satisfaire en maintenant une productivité agricole élevée pour faire face à l'accroissement prévu de la consommation alimentaire et industrielle, en préservant autant que possible les écosystèmes non cultivés. Au-delà de la correction d'inefficacités dans l'utilisation des intrants énergétiques et chimiques, les solutions disponibles sont généralement associées à des baisses de productivité de la terre. Elles peuvent cependant maintenir les marges des producteurs, l'enjeu économique se situant alors davantage au niveau des filières concernées. Il reste que pour une agriculture très productive comme celle de la France, maintenir ou accroître la production en économisant des intrants industriels et en entretenant les milieux, dépendra fortement d'innovations produites par la biologie, l'écologie et la génétique. Leur acceptation et leur diffusion sont des facteurs clés du rythme de changement espéré. L'agronomie y joue également un rôle essentiel par la conception de systèmes de production nouveaux, nécessairement rediversifiés, et favorisant une nouvelle association entre élevage et production végétale. C'est finalement au niveau de filière et de territoire que se joueront ces enjeux, ce qui suppose d'autres catégories d'innovations, organisationnelles, économiques ou de « gouvernance ». Au-delà l'arbitrage nécessaire entre enjeux locaux et enjeux globaux, environnementaux, économiques et sociaux devra guider la conception du futur de notre agriculture, comme contributrice au développement durable. En ce sens, l'innovation pour les agricultures, actuellement sous productives est déterminante vis-à-vis de nos propres choix.